生殖器溃疡常见病因主要为各种感染，如梅毒、软下疳、生殖器疱疹、性病性淋巴肉芽肿、腹股沟肉芽肿、急性女阴溃疡和结核，也可由其他疾病如肿瘤（与某些人类乳头瘤病毒相关的宫颈部位的肿瘤）、固定性药疹和白塞病等引起，尤以前三种为多，有时患者可同时患有一种以上的疾病。每一种引起生殖器溃疡的疾病均与HIV感染危险性增加相关。研究发现对生殖器溃疡病因的临床诊断很不准确，原因是：①不同病因的临床表现相似；②混合感染在临床并不少见；③由于病期长、自我治疗或合并HIV感染而导致非典型表现。对生殖器溃疡病征的研究表明，应用临床诊断方法来处理生殖器溃疡患者时，其有效性很差。医师需要根据临床表现，结合当地流行状况，考虑最可能的诊断并给予相应治疗。病征处理的要求是，如有多发性、疼痛性、复发性水疱或糜烂，则治疗生殖器疱疹；无上述表现，则治疗梅毒和软下疳。临床上常需在未得到检验结果前进行治疗，因为早期治疗可以降低疾病进一步传染的可能。病征处理对于生殖器疱疹的敏感性较差，从4.5％～31％不等；有人发现加入实验室检查对梅毒或疱疹的敏感性并无明显影响，但可使软下疳的敏感性下降28％，因为当RPR试验阳性时，患者只予治疗梅毒，这样梅毒和软下疳双重感染者就会被遗漏。