尖锐湿疣损害和/或HPV未被彻底去除
　　
　　尖锐湿疣损害和/或HPV未被彻底去除是造成尖锐湿疣复发的重要因素之一。有学者发现尖锐湿疣经治疗去除疣体后仍有45%的患者存在HPV潜伏感染,其中67%的患者表现复发。这表明HPV未被机体彻底清除，残留的尖锐湿疣病变或潜伏HPV感染是尖锐湿疣复发的主要原因。作者认为在尖锐湿疣治疗过程中每一种外用疗法只要仔细操作，尤其是掌握达到彻底去除HPV感染的组织范围和深度则会大大减少尖锐湿疣复发。但在临床治疗过程中并非都能做到这一点，这与操作者技术水平有密切的关系。
　　
　　在前面已叙述HPV感染部位主要在表皮，尖锐湿疣自表皮向外生长，故无论是外用药物还是用激光疗法等治疗，其治疗深度应达到表皮基底细胞层上方，治疗范围应超过尖锐湿疣损害边缘1～2mm才能将尖锐湿疣病变组织清除干净。然而，在临床治疗过程中即便是做到这点，仍有少数尖锐湿疣患者治疗后复发。朱文元等研究发现在少数尖锐湿疣患者的真皮内检测到HPV DNA ,这一结果表明在尖锐湿疣复发病例中除了皮肤表皮内存在HPV外,真皮内存在HPV是尖锐湿疣复发的另一重要原因。
　　
　　问题是既然HPV是一种嗜表皮的病毒，为什么HPV会存在于真皮中呢？有几种可能的解释：
　　
　　①由于皮肤对HPV感染的炎症反应，导致HPV DNA的释放，如炎症引起基底细胞液化变性可以导致HPV颗粒释放到真皮乳头；
　　
　　②已知艾滋病患者的表皮郎格汉斯细胞、淋巴细胞和单核细胞内可以含有HIV，上述细胞在尖锐湿疣表皮内可能吞噬HPV DNA,他们可以从表皮游走到真皮；
　　
　　③HPV病毒血症导致真皮内含有HPV，但由于用免疫学的方法未能在血清中发现病毒，故此种可能性极小。