导致闭经的内分泌因素包括：多囊卵巢综合征、紧张和劳累、体重相关、高泌乳素血症、心理性疾病、全身性疾病如：肾功能衰竭、药物因素、卵巢早衰、垂体缺血性坏死、原发性下丘脑一垂体一卵巢(HPO)轴衰竭。

　　体内脂肪过度减少可导致下丘脑促性腺激素释放激素降低而引起下丘脑功能失调。神经性厌食症约占闭经的15％，该病其他特征包括体重下降、心动过速、皮肤干燥以及异常毛发分布。运动员即使她们体重处于正常范围，也经常出现闭经，可能与其肌肉与脂肪比值高有关；一些严重的疾病可通过影响HPO轴平衡，引起闭经；运动和紧张通过下丘脑儿茶酚胺和内源性鸦片样物质改变引起闭经；有关多囊卵巢综合征已在前文叙述；药物如酚噻嗪类药物，因其可导致血清泌乳素水平增高而引起闭经。复合口服避孕药在停药6个月后致HPO轴持续受到抑制，引起所谓的药物性闭经，通常是短期可逆的。

　　相比较而言，产后大出血导致垂体坏死，引起不可逆HPO轴衰竭，即所谓席汉氏综合征，所有前垂体分泌都受到抑制，包括TSH和促肾E腺皮质激素(ACTH)。这种疾病比较少见。原发HPO轴衰竭非常少见，KfllhTlann’s综合征以GnRH分泌减少，伴随嗅觉丧失为特征。