衣原体感染后能诱导产生型异性细胞和体液免疫。但保护性不强，为时短暂，因此衣原体的感染常表现为持续感染，反复感染或隐形感染。有些衣原体抗原注入人皮后内可造成免疫病理损伤。

　　衣原体感染中干扰素在动物模型中的作用，Pank等用沙眼衣原体鼠模型引起下生殖道感染，检测 I F N－γ所引起的保护作用。给鼠应用各种抗 I F N－γ单克隆抗体或用重组I F N－γ处理沙眼衣原体后再感染。结果显示，积极给予I F N－γ，有助于清除衣原体。

　　Zhong等用研究沙眼衣原体内源性 I F N－γ的局部防御作用，在衣原体感染时脾细胞分泌的 I F N－γ与肝组织中微生物的清除量相关联，把已免疫的动物的脾细胞移植到未免疫的鼠中，随后感染衣原体。结果可减少受体动物的感染。而用单克隆抗体处理的动物则引起严重的感染。这些资料表明，内源性 I F N－γ在清除沙眼衣原体L1型系统感染时有重要作用， I F N－γ在多部位显示活性。

　　生殖道组织的组织病理显示，用抗体处理过的动物，输卵管感染组织的炎症渗出显着减轻。这与用免疫组织化学方法检测到的对衣原体免疫的减弱相平行。从黏膜下到分泌物中的衣原体特异抗体，对生殖道衣原体感染有保护作用。